来源：中国科学报，澎湃新闻，CellPress细胞出版社
梦想有温度，追求有情怀，成就才有厚度。2023年2月6日，由北京大学现代农业研究院、潍坊现代农业山东省实验室何航、邓兴旺团队与武汉植物园钟彩虹团队/李大卫研究员合作的论文“Two haplotype-resolved, gap-free genome assemblies for Actinidia latifolia and Actinidia chinensis shed light on regulation mechanisms of vitamin C and sucrose metabolism in kiwifruit”，作为封面文章发表在Cell Press细胞出版社旗下期刊Molecular Plant上。封面呈现的是中秋之夜，中国古人品尝猕猴桃的画面，复现了唐代诗人岑参描绘的“中庭井阑上，一架猕猴桃”的闲适场景。
Abstract 摘要
Kiwifruit is a recently domesticated horticultural fruit crop with substantial economic and nutritional value, especially because of the high content of vitamin C in its fruit. In this study, we de novo assembled two telomere-to-telomere kiwifruit genomes from Actinidia chinensis var. ‘Donghong’ (DH) and Actinidia latifolia ‘Kuoye’ (KY), with total lengths of 608 327 852 and 640 561 626 bp for 29 chromosomes, respectively. With a burst of structural variants involving inversion, translocations, and duplications within 8.39 million years, the metabolite content of DH and KY exhibited differences in saccharides, lignans, and vitamins. A regulatory ERF098 transcription factor family has expanded in KY and Actinidia eriantha, both of which have ultra-high vitamin C content. With each assembly phased into two complete haplotypes, we identified allelic variations between two sets of haplotypes, leading to protein sequence variations in 26 494 and 27 773 gene loci and allele-specific expression of 4687 and 12 238 homozygous gene pairs. Synchronized metabolome and transcriptome changes during DH fruit development revealed the same dynamic patterns in expression levels and metabolite contents; free fatty acids and flavonols accumulated in the early stages, but sugar substances and amino acids accumulated in the late stages. The AcSWEET9b gene that exhibits allelic dominance was further identified to positively correlate with high sucrose content in fruit. Compared with wild varieties and other Actinidia species, AcSWEET9b promoters were selected in red-flesh kiwifruits that have increased fruit sucrose content, providing a possible explanation on why red-flesh kiwifruits are sweeter. Collectively, these two gap-free kiwifruit genomes provide a valuable genetic resource for investigating domestication mechanisms and genome-based breeding of kiwifruit.
Key words telomere-to-telomere allele-specific expression vitamin C sugar metabolism
在耕地面积有限的情况下，大幅提高农作物产量和品质是保证粮食安全的必然途径。随着我国农业大数据与现代生物技术的应用，越来越多的物种进入育种4.0即精准设计育种时代。
作为我国重要的果业资源，猕猴桃产业也面临着从高产量向高品质的转变。近日，中科院武汉植物园研究团队与北京大学现代农业研究院合作，在猕猴桃高维生素C、糖酸及抗性性状方面开展深入研究，为我国猕猴桃进入精准设计育种时代打下了基础。相关成果相继发表于《分子植物》和《新植物学家》。
猕猴桃原产国成为产业和科研大国
猕猴桃是一种具有重要营养价值的水果，因风味甜美、富含维生素C而被称为“维C之王”。新西兰上世纪初开始了猕猴桃培育和种植，在猕猴桃科学研究和国际贸易中长期处于引领地位。
我国从上世纪70年代末开始零星种植猕猴桃，历经40年的发展，猕猴桃收获面积和产量分别达到18.26万公顷和219.67万吨，均占世界总产量和栽种面积的一半以上。然而，我国猕猴桃研究和产业发展长期落后于新西兰、意大利等猕猴桃科研、生产大国。
猕猴桃属起源于中国，全属共包含54个物种，其中52个主要分布于我国。但目前，猕猴桃基础研究与分子育种主要受限于为数不多的可利用基因组资源——仅有中华猕猴桃和毛花猕猴桃发表了基因组，制约了我国猕猴桃基因组学研究与遗传改良。
高质量基因组解开多个未解之谜
研究团队选择具有超高维生素C含量的阔叶猕猴桃，以及我国具有独立知识产权的中华猕猴桃优良品种“东红”作为研究对象，完成了两个端粒至端粒无缺口猕猴桃基因组拼接，同时获得了染色体级别的单倍型基因组。
▲中华猕猴桃与阔叶猕猴桃无缺口基因组图谱
通过保守的单拷贝同源基因构建物种进化树，研究人员推断阔叶猕猴桃与中华猕猴桃的分歧时间大约在839万年前。在此期间，有189个基因家族经历了显著的基因倍增，而58个基因家族经历了基因丢失。这些基因家族的扩张与收缩可能与猕猴桃科特有的性状，如更高的维生素含量、更大的果实型号等相关。研究发现，维生素合成途径基因在不同猕猴桃物种中分布较为保守，但其表达模式在高维生素C含量材料（阔叶）和低维生素C含量材料（东红）中不完全相同。
▲DH和KY的基因组组装和注释
为迈入精准设计育种时代打基础
研究人员发现，与阔叶猕猴桃相比，东红猕猴桃具有明显更高的甜度。科学家从东红猕猴桃中鉴定出一个蔗糖转运蛋白基因，具有与蔗糖（甜味相关）含量显著相关的表达模式。科学家通过多种方法验证了该基因可能是红心猕猴桃甜度增加的重要原因。
▲中科院武汉植物所选育的东红猕猴桃，成为国内近十年来种植面积增加最快的品种，没有之一
此外，科学家系统鉴定了猕猴桃属40余个物种的维生素C含量，发掘了猕猴桃维生素C合成的关键基因，揭示了调控猕猴桃维生素C合成的GBF3- MYBS1-GGP3分子模块。这加深了人们对猕猴桃维生素C合成的生理和分子机制的理解，为高维生素C果蔬种质创新提供了新的科学依据。
▲李大卫研究员（左）与何航研究员（右）在宜昌调查野生猕猴桃
中科院武汉植物园研究员李大卫向《中国科学报》介绍，这就好比建一座大楼，首先是打好打牢基础，因此需要猕猴桃高质量基因组，从中发掘具有重要功能的基因并阐明它们的功能，为猕猴桃精准设计育种提供依据、打下基础。目前在科学家的联合推动下，国产猕猴桃有望进入精准设计育种时代。
论文网址：https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(22)00476-2
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